在凈水處理時，生物過濾法主要作為絮凝沉淀的預處理。此時需要除掉的物質，除了懸浮物之外，還有氨性氮、鐵、錠、異臭物質及硝酸性氮等。因此在凈水處理時,生物過濾法所適用的場合多數是喜氣式的，過濾介質宜用固定床形式。過濾方式既可以是向上流式，也可以是向下流式。

絮凝沉淀后進行生物過濾，這種作業方法適用于生物過濾槽易堵塞的場合。

對凈水進行高度處理時,大都采用的方法為臭氧加活性炭。由于此法所用的活性炭上繁育有微生物，所以成了生物活性炭。此法也是生物過濾法的一種。

近來在探討用生物過濾法來除掉硝酸性氮，以減少其對地下水的污染?？墒菫榱顺粝跛嵝缘?，必須添加甲醇等有機物，因此在凈水處理時，要注意甲醇等的殘留。